Inotlerantni možemo biti i na prirodna hemijska jedinjenja

Intolerancija može isto tako biti i uzrokovana abnormalnom sposobnošću organizma da apsorbuje neke nutrijente iz hrane koju unosimo u organizam. Ovo se dešava kod fruktozne malapsorbcije. Lekovi na prirodnoj bazi mogu izazvati intoleranciju, kao i sasvim prirodna jedinjenja koja se nalaze u hrani. Salicilati su često ti koji izazovu reakcije organizma i mogu da ugroze funkcionisanje metabolizma.